流行性腮腺炎是一种全身性感染疾病，病毒可累及多个器官，产生一系列复杂的症状。
在神经系统方面，流行性腮腺炎可能引发无菌性脑膜炎、脑膜脑炎和脑炎等。其中脑膜脑炎尤为常见，尤其是儿童患者，男孩的发病率高于女孩。脑炎的发病率在流行性腮腺炎中约占0.3％～8.2％。病毒直接侵入中枢神经系统的几率高达30％～65％，会引发脑脊液中白细胞数增加。症状如头痛、呕吐等急性脑水肿可能在腮腺肿胀前或后的两周内出现，有时甚至早于腮腺肿胀前六天。值得注意的是，约四分之一的病例可能没有腮腺肿大症状。还会出现耳聋等听力受损的情况，尽管发病率不高，但可能引发永久性和完全性耳聋。
在生殖系统方面，腮腺炎病毒也可能侵犯成熟的生殖腺体。青春期后期患者更为常见。睾丸炎和卵巢炎是常见的并发症。睾丸炎的发病率在儿童群体中较为罕见，但在青春期后的男性患者中占比较高。卵巢炎则约占成人女性患者的比例约五到七分之一。这些并发症通常不会严重影响生育能力。
流行性腮腺炎还可能引发炎、肾炎和心肌炎等并发症。炎的发生率在儿童群体中尤为少见，但上海医科大学的一项研究发现，近年来随着儿童病情的加重，炎的并发症也有所增加。肾炎的发生率在儿童群体中也较高，病毒可直接损害肾脏，导致尿液异常。心肌炎则可能出现心脏功能异常的表现，严重时甚至危及生命。
除了上述并发症外，流行性腮腺炎还可能引发其他多种并发症，如乳腺炎、炎、肝炎等。关节炎的发病率约为百分之零点四四左右，主要累及关节较大的部位如肘、膝等，这些症状可能在腮腺肿胀后的一到两周内出现，也可能没有腮腺肿胀的症状。流行性腮腺炎的并发症多样且复杂，需要我们密切关注并及时治疗。