在腺病毒肺炎的病程中，常常会有金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、肺炎球菌以及绿脓杆菌等感染并发症的出现，这些感染会使病情进一步恶化。特别是在腺病毒肺炎的后期，常常会出现继发性细菌感染的迹象。
如果患者在发病后的10天左右病情未见好转，或者出现病情一度减轻却又复发的情况，同时伴随着痰色变黄或者变得像淘米水一样，身体其他部分出现化脓灶，甚至出现了脓胸，那么这时候就需要高度警惕了。通过X光检测发现新的阴影，白细胞计数增加，中性粒细胞比例上升或者核左移，以及碱性磷酸酶或四唑氮蓝染色值增加等现象，都是腺病毒肺炎后期可能出现继发性感染的明显迹象。
在重症腺病毒肺炎的极期（第6至第15病日），少数病例可能会出现弥漫性血管内凝血（DIC）的并发症。这种并发症特别容易在继发细菌感染中出现。在DIC微循环功能障碍发生前，最初可能仅有呼吸道和胃肠道少量出血。但如果不及时干预，未来可能会发展为肺、胃肠道和皮肤的广泛性出血。对于该疾病的诊断，可以通过初步筛查试验、筛查试验和确定试验来进行积极的确诊。其中，粪便潜血试验阳性以及血小板计数减少是初步筛查的重要参考指标。
而在病情较为严重的情况下，长春白求恩医科大学发现可能会并发7型或3型腺病毒心肌炎。这种疾病具有发病急、恢复快的特点，通常出现在病程的第二周早期。随着心肌缺氧和水肿的消除，病情可以迅速恢复。由于可能出现心力衰竭，心肌炎往往会被忽视。对于突然出现的苍白、出汗、呕吐、腹痛、心脏扩张、心率异常等症状，应及时进行常规心电图和心肌酶检查以确定诊断。
腺病毒肺炎是一种需要密切关注的疾病，对于其可能出现的并发症和感染迹象，必须保持高度警惕，及时进行检查和治疗，以避免病情进一步恶化。